Los aplicaciones de negocio son sistemas vivos que requieren actualizaciones y mejoras continuas tanto perfectivas como evolutivas. El servicio de Mantenimiento de Aplicaciones permite a las empresas y organizaciones tercerizar el mantenimiento en un equipo experto. Microsystem trabaja con una metodología de mantenimiento que consiste de dos grandes fases. La primera fase consiste en tomar control del software, desde los requerimientos de negocio hasta su arquitectura y códigos fuentes. En una segunda fase se gestiona el mantenimiento mediante ciclos ágiles de desarrollo, controlando calidad y dando visibilidad al cliente mediante herramientas de gestión del ciclo de vida del software.